A temporada de 1938/39 marcou o inicio de uma nova era no futebol português com o Campeonato de Portugal e o Campeonato da Liga a serem extintos e substituídos por verdadeiros Campeonatos Nacionais inicialmente com duas Divisões, ao mesmo tempo que era criada a Taça de Portugal prova a eliminar.
Nessa altura os Campeonatos de Lisboa começavam a perder importância e a partir de 1947 deixariam de ter a participação dos principais Clubes da Associação.
Até lá o Sporting depois de em 38/39 completar uma série de seis títulos consecutivos, ainda ganharia por mais cinco vezes esta competição, liderando no balanço geral da prova com 18 vitórias em 37 edições.
Em 1939 o Sporting ganha o primeiro Campeonato Nacional de Juniores e é pela primeira vez Campeão de Hóquei em Patins, as vitorias nas modalidades sucediam-se, com especial relevo para o Atletismo e o Ciclismo onde em 1940 e 1941 os ciclistas leoninos José Albuquerque “Faísca” e Francisco Inácio ganham a Volta a Portugal.
Em 1940 o Sporting tinha 5100 sócios, dois anos depois termina o consulado de Joaquim Oliveira Duarte, Presidente entre 1928-29 e 1932-42, grande defensor do ecletismo, responsável também pela instalação da Sede no sumptuoso Palácio da Foz e pelos primeiros passos rumo à construção do Estádio José Alvalade.
É aqui que começa a chamada época de ouro do Sporting, o tempo dos famosos 5 Violinos, nome pelo qual ficou conhecida a linha avançada constituída por Travaços, Jesus Correia, Peyroteo, Vasques e Albano, que no entanto só jogaram juntos 3 temporadas.
Neste período o Sporting conquistou 3 dobradinhas (40/41, 47/48 e 53/54) entre 9 Campeonatos, 4 Taças de Portugal e vários recordes provavelmente imbatíveis, como a maior goleada da história do Campeonato 14-0 ao Leça em 41-42, os 123 golos marcados na temporada de 46/47, o que dá uma média de quase 5 golos por jogo, e os sete títulos ganhos em oito temporadas (de 46 a 54), que valeram duas Taças “O Século” o monumental troféu que assinalava um tri-campeonato, a primeira das quais ainda sob orientação da dupla Robert Kelly e Cândido de Oliveira.
Pelo meio falhou a época de 49/50, a primeira depois do precoce abandono de Peyroteo, que com apenas 30 anos resolveu deixar o futebol após 12 anos em que marcou 693 golos em 432 jogos ao serviço do Sporting, aos quais somou 20 internacionalizações com 13 golos, sagrando-se por quatro vezes como o melhor marcador do Campeonato, mais uma na Liga.
O Sporting ganhou ainda a Taça Império troféu que assinalou a inauguração do Estádio Nacional ao bater o Benfica por 3-2 em 10 de Junho de 1944, com Peyroteo mais uma vez a ficar ligado à história marcando o 1º golo da longa vida do Jamor.
Em 1947 O Sporting realiza importantes obras no Estádio do Lumiar.
Em 1949 começa-se a disputar a Taça Latina, prova que antecedeu a Taça do Campeões Europeus e que reunia num torneio os Campeões de Portugal, Espanha França e Itália. Na 1ª edição realizada em Madrid o Sporting ganha por 3-1 ao Torino, mas perde na final por 2-1 com o Barcelona em jogo que ficou marcado pela lesão de Peyroteo.
O Sporting participaria ainda em mais três das cinco edições desta prova, mas sem nunca conseguir a vitória.
Em 1950 o Sporting tinha 12546 sócios e em 1955 chegava aos 22589.
Na época de 53/54 já sem Jesus Correia, que fora obrigado a decidir entre o futebol e o hóquei, a sua outra grande paixão, o Sporting depois de três temporadas sob o comando do inglês Randolph Galloway, chega ao primeiro tetra do nosso futebol, orientado pela dupla Tavares da Silva Joseph Szabo que regressara para mais uma vez fazer história, mas na época seguinte falha o penta e perde a final da Taça, nesta altura o Clube liderava o balanço geral com 9 campeonatos em 17 edições.
Estes desaires já anunciavam o fim do reinado leonino no futebol português.